Il Museo conserva una collezione di oggetti, documenti e fotografie diretti a testimoniare la bimillenaria presenza degli ebrei in Italia.
Il MEIS nasce, diversamente dalla maggioranza delle istituzioni museali, prima nella sua mission e persegue in seguito una politica di acquisizioni.
Ad oggi la collezione è composta da oggetti provenienti da numerose donazioni di privati, in particolare fra queste si distingue per la varietà e l’interesse il Fondo Gianfranco Moscati, una miscellanea di oltre 3.000 pezzi, in gran parte documenti, che permettono di gettare luce sulla storia degli ebrei d’Italia.
